Nuevo siglo, nuevos protagonistas
El cambio de siglo en la Bundesliga volvió a mostrar a un fuerte FC Bayern München que empezó la década con un tricampeonato entre 1999 y 2001. El buen desempeño del conjunto bávaro en la Bundesliga le sirvió como catapulta para ganar su cuarta UEFA Champions League en 2001.
A lo largo de la década, la hegemonía de Los Rojos fue interrumpida por cuadros tradicionales como el Borussia Dortmund, el SV Werder Bremen y el VfB Stuttgart. Este último alzó la Meisterschale en 2007 con el aporte de figuras como los mexicanos Pável Pardo y Ricardo Osorio además de los alemanes Sami Khedira, Mario Gómez y el nacionalizado Cacau.
Sin embargo, la mayor sorpresa en este periodo fue sin duda la irrupción del VfL Wolfsburg entre la élite de la Bundesliga. En la temporada 2008/09, el conjunto de los Lobos se consagró campeón con un grupo de jugadores relativamente desconocidos como el delantero bosnio Edin Dzeko y el brasileño Grafite, quien se coronó goleador del campeonato en aquella temporada.
Figuras: Oliver Kahn, Giovane Élber, Bastian Schweinsteiger (FC Bayern München), Claudio Pizarro (SV Werder Bremen, FC Bayern München), Michael Ballack (Bayer 04 Leverkusen, FC Bayern München) Grafite, Edin Dzeko (VfL Wolfsburg), Mario Gómez (VfB Stuttgart, FC Bayern München), Cacau (1. FC Nürnberg, VfB Stuttgart)
Campeones: 1999/00: FC Bayern München, 2000/01: FC Bayern München , 2001/02: Borussia Dortmund, 2002/03: FC Bayern München, 2003/04: SV Werder Bremen, 2004/05: FC Bayern München, 2005/06: FC Bayern München, 2006/07: VfB Stuttgart, 2007/08: FC Bayern München, 2008/09: VfL Wolfsburg
Los latinos: El brasileño Márcio Amoroso fue el primer goleador latinoamericano en la historia de la Bundesliga en la temporada 2001/02 con el Borussia Dortmund. Su compatriota Aílton se convirtió en el primer extranjero en ser nombrado Jugador del Año en Alemania en 2004.
